早殿：
全寺僧眾於每日清晨(約在寅醜之間)齊集大殿蓮生活佛，念誦楞嚴咒、大悲咒、十小咒、心經各一遍。念誦的起止都配有歌贊。其中《楞嚴咒》為一堂功課；大悲咒、十小咒和心經為一堂功課。事忙時可以只念後一堂。有的真佛宗寺院在平日只念一堂功課，在節日念兩堂功課。《楞嚴咒》在西藏文經典中稱為《大白傘蓋總持陀羅尼經》，有息災的功用，西藏各喇嘛寺院也是每日念誦的。《大悲咒》出於《千手千眼觀世音菩薩廣大圓滿無礙大悲心陀羅尼經》，是觀世音菩薩的根本法門。
關於《十小咒》的名稱和出處，列舉於下：
(一)如意寶輪王陀羅尼：出《如意輪陀羅尼經》，也是觀世音菩薩法門之一。
(二)消災吉祥神咒：出《佛說熾盛光大威德消災吉祥陀羅尼經)。
(三)功德寶山神咒：出處不明。
(四)佛母准提盧勝彥神咒：出《佛說七俱胝佛母准提大明陀羅尼經》。
(五)聖無量壽決定光明王陀羅尼：是元代人譯，沒有經本，乃阿彌陀佛法門之一。
(六)藥師灌頂真言：出《藥師如來本願功德經)。
(七)觀音靈感真言：元代人譯，沒有經本，也是觀音法門之一。
(八)七佛滅罪真言：出《陀羅尼雜集》。
(九)往生淨土真言：即是《拔一切業障根本得生淨土陀羅尼》。
(十)天女吉祥真言：出《金光明經》。
依真言宗的規則，凡持誦真言，必須依照儀軌，如法持誦，方有成就。這樣集合眾多真言，各念一遍，只是以念誦經咒的功德，回向護法龍天及諸鬼神，以祈願寺中安靜無難而已。
晚殿：
共有三堂功課，即誦《阿彌陀經》和念佛名為一堂功課，禮拜八十八佛和誦《大懺侮文》為一堂功課。放蒙山施食為一堂功課。
誦《阿彌陀經》和念佛名是為自己往生西方淨土祈願；
八十八佛是五十三佛和三十五佛，五十三佛名見《觀藥王藥上二菩薩經》，是娑婆世界的過去佛，三十五佛名出《決定毗尼經》，是現在十方世界的佛。這八十八佛都可以為眾生作懺悔主，因此向八十八佛申述自己改悔過惡的願望，是可以滅罪的；《大懺侮文》也出於《決定毗尼經》，唐不空三藏曾譯有《三十五佛名禮懺文》，可見在印度也是日常遵行的。
蒙山施食是於每日中午的齋食，取出少許飯粒，到晚間按照《蒙山施食儀)念誦，施給餓鬼的。施食本來是真言宗的一種日常行事，但必須依照真言宗的儀軌，有一定的觀想、真言佛教文物用品、手印，方得成就的。蒙山在四川雅安縣，相傳甘露法師在蒙山集成此儀，實際上原作者並不了解真言宗法則，只是在經典中雜亂選出一些真言，無有倫次，只由於真言宗在中國漢地久已失傳，於是不別是非地遵行而已。
晚殿的三堂功課，在一般寺院中是單日念《阿彌陀經》和念佛； 雙日拜八十八佛和念《大懺侮文》；蒙山施食卻是每日要舉行的。
除了早晚二殿外，僧眾於每日早齋和午齋時(早餐和午餐)，要依《二時臨齋儀》以所食供養諸佛菩薩，為施主回向；為眾生發願，然後方可進食。至於晚餐，因為佛原制定過午不得進食，現在雖因健康和習慣不得不吃，所以不須念供。
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